Bakteriler, doğada yaygın olarak bulunan ve birçok farklı türde varlık gösteren mikroorganizmalardır. Bu türler arasında hem yararlı hem de zararlı bakteriler bulunmaktadır. Bakteri çeşitleri üzerine yapılan araştırmalar, geçmişten günümüze kadar devam etmiş ve hala sürmektedir. Araştırmalar sayesinde sürekli olarak yeni bakteri türleri keşfedilmektedir. Bu yeni keşifler genellikle bilimsel deneylerde kullanılarak tıbba ve diğer bilim dallarına önemli katkılar sağlar. Bakteriler genel olarak iki ana gruba ayrılmaktadır: heterotrof ve ototrof bakteriler. Bu sınıflandırma, bakterilerin beslenme şekillerine dayanmakla birlikte, her bir grup birçok farklı özelliğe sahiptir.

Arkeabakteriler, 1970'li yılların sonunda keşfedilmiş ve birçok biyoloğu şaşırtmıştır. Bu bakteriler, ekstrem çevre koşullarında yaşamalarıyla dikkat çekerler. Örneğin, metanojen arkeabakteriler, anaerobik ortamlarda yaşar ve metabolizmaları sonucu metan gazı üretirler. Bu bakteriler, büyükbaş hayvanların bağırsaklarında bulunabilir ve bu hayvanların ürettiği bağırsak gazlarının kaynağıdır. Ayrıca, halofilik arkeabakteriler yüksek tuz konsantrasyonlarına sahip ortamlarda yaşayabilirken, termoasidofilik arkeabakteriler ise 100 santigrat derecenin üzerindeki sıcaklıklara sahip asidik ortamlarda bulunabilir. Bu bakteri çeşitlerinin ökaryotların atası oldukları öne sürülmüştür.

Bakteriler, morfolojik özelliklerine göre farklı şekillerde sınıflandırılabilir:

Gram boyası ile boyandıklarında, mavi-mor renk veren bakterilere Gram-pozitif (Gram +), kırmızı-turuncu renk veren bakterilere ise Gram-negatif (Gram -) bakteriler denir. Bu farklılık, bakterinin hücre çeperinin özelliklerinden kaynaklanır.

Saprofit bakteriler, bitki ve hayvan artıkları gibi organik bileşikleri daha basit bileşiklere ayrıştırarak hem kendilerine besin ve enerji sağlarlar hem de toprağın zenginleşmesine katkıda bulunurlar. Bazı saprofit bakteriler, humustaki organik maddeleri ayrıştırarak bitkilerin alabileceği inorganik maddelere dönüştürürler. Bu bakteriler, madde döngüsünün gerçekleşmesine yardımcı olurlar, ancak çürüme sürecinde ortaya çıkan maddeler genellikle kötü kokar.

Parazit bakteriler, kendi başlarına sindirim olayını gerçekleştiremezler ve ihtiyaç duydukları besinleri dışarıdan hazır olarak alırlar. Bu tür bakterilere parazit bakteriler denir. Bazı parazit bakteriler hastalık yapar ve bu türlere patojen bakteriler denir. Patojen bakteriler, üzerinde yaşadıkları konak canlının ölümüne sebep olabilirler, ancak eğer konak canlının ölümü gerçekleşirse, kendileri de yaşamlarını sürdüremezler. Bu nedenle bazı patojen bakteriler, konak canlı ile uyumlu bir şekilde yaşamayı başarırlar.